Il Museo della Basilica di Santa Maria delle Grazie è stato istituito nel 1864 in seguito alla raccolta di alcuni dipinti provenienti da chiese e conventi della città per evitarne la dispersione conseguente alla soppressione da parte del nuovo stato unitario di numerosi istituti ecclesiastici. Il museo, riallestito e ampliato nell'ottobre 2005, è situato in un edificio contiguo al complesso di Santa Maria delle Grazie che si affaccia sulla centralissima piazza, alle spalle del palazzo di Arnolfo. Vi sono esposti dipinti di epoca compresa tra il XIV e il XVII secolo, nonché oreficerie liturgiche, paramenti e altri oggetti di grande importanza per San Giovanni e il suo territorio.